Tras la reconquista se instauran en Caniles dos parroquias, la de Santa María de la Anunciación en el barrio Alto y la de San Pedro en el barrio Bajo, desaparecida esta última en la actualidad. Ambas se fusionaron en 1792 quedando solo la de Santa María, dedicada ahora a Santa María y San Pedro, a la que en 1642 se le añadieron a su única nave central las dos naves laterales