Caniles es en estos momentos de la historia una villa fronteriza continuamente expuesta a incursiones castellanas, pero, aún así, aparece citada en las crónicas como una fortaleza segura y dificil de asediar, de ahí su renombre de «Canilles la famosa». Tanto es así que a principios del S.XIV, los infantes Don Pedro y Don Juan de Castilla, tras tomar Orce, Benamaurel, Cúllar, Huéscar y Galera, no pueden hacer lo mismo con Baza, Zújar y Caniles. Volverá Caniles a quedar en línea de fuego allá a mitad del S.XV, cuando el Adelantado de Murcia, Alonso Yáñez Fajardo » El Bravo» reconquista de nuevo Cúllar, Galera, y Benamaurel que Ismail I había recuperado a mediados del siglo anterior.
Pero esta situación de incertidumbre fronteriza durará hasta 1.488, cuando los Reyes Católicos conquistan definitivamente Huéscar, Orce, Galera, Benamaurel, Cúllar y casi todos los castillos de la tierra de Vera. «. Los moros de Caniles, y en su nombre Abulcacin Haçeni, alcaide de la villa, entregaron pacificamente la fortaleza y la villa de Caniles a Don Iñigo López de Mendoza, Conde de Tendilla, la tarde del sábado 13 de Junio de 1489.
Hernández del Pulgar nos dice en su crónica «visto por los Moros que estaban en Canilles como la Villa de Zújar y otras fortaleças que estaban cercanas a Baza se entregaron al Rey, e que el Conde de Tendilla iba sobre Canilles, se entregó al dicho Conde como quier que aquel lugar es fuerte e cercano a Baza».
En 1.501, poco después de las sublevaciones que acaban con la Granada mudéjar, la corona decide que las villas de Caniles, Benamaurel, Cúllar, Macael, y Alaroya pasen a la jurisdicción de la ciudad de Baza, posiblemente como castigo por la sublevación de sus mudéjares. Este periodo histórico de dependencia de Baza durará hasta l.679, año que culmina el proceso de exención de dicha ciudad iniciado en 1648.
La población en estos primeros años del S.XVI es enteramente morisca. Así de un censo de 760 vecinos tan sólo 30 eran cristianos viejos. Caniles en manos de los moriscos granadinos era un pueblo próspero que cultivaba la seda, el trigo y sobre todo la viña. La producción de vino fue siempre una de las mayores riquezas de la villa, lo demuestra el hecho de que en sus campos se cultivaban más de 700.000 cepas.
Esta situación de riqueza y tranquilidad aparente sufrirá un duro golpe en 1.568, año de la rebelión de los moriscos. Tras la expulsión la población de Caniles mermó notablemente. Pero, poco a poco, el entorno del viejo barrio medieval se fue repoblando con nuevas gentes venidas de Jaén, Castilla-La Mancha y Murcia. Otros repobladores eligieron sus viviendas en los alrededores de la mezquita mayor. Con el tiempo, el Ravalchedid fue paulatinamente abandonado y a mediados del siglo XVIII habitaban este barrio apenas un centenar y medio de vecinos.
Será en la siguiente centuria cuando los canileros comienzan a darse cuenta de las desventajas de todo tipo que suponía pertenecer a Baza, distante legua y media. Los primeros movimientos secesionistas se produjeron en 1648. En 1679 se consigue la ansiada independencia, cuyos trámites se habían iniciado 31 años antes. Tras el notable esfuerzo que supuso el pago a la Corona de 19.000 ducados, el rey Carlos II, concedió el privilegio de villazgo a Caniles el 31 de diciembre de 1679. Este era efectivo desde el 26 de diciembre de 1648 cuando el juez Vicente Zapata se presentó en Caniles, procedente de Madrid. Dos días después se constituyó el primer Ayuntamiento, que se reunió en la Plaza de la Iglesia. Seguidamente se delimitó el término y se censó al vecindario. La andadura del nuevo municipio se iniciaba sin más riqueza que unas pocas tierras y el trabajo de sus humildes gentes.
Los años siguientes a la independencia municipal supusieron momentos de gran dinamismo para la nueva villa. Es un tiempo de crecimiento económico sin demasiados conflictos que alteraran el desarrollo de la localidad. El entramado urbano comenzó a expandirse rápidamente, así como su población. En 1.752 el censo de habitantes ascendía a 636 vecinos. Pronto se acometió la construcción de los edificios importantes que el pueblo necesitaba. Primero fue la iglesia de Santa María, que sería ampliada y remodelada en este siglo y que sería puesta bajo la advocación de Santa María y San Pedro. Por esos años se construye la ermita de San Sebastián y la casa de los Mancebo, origen de la calle nueva, el Pósito y el convento de los Franciscanos de Alcántara, hoy desaparecido.